1. Instalamos el Netbeans 6.8 COMPLETO
2. Tenemos instalado el MySQL GUI Tools
Entonces:
1. Iniciamos el IDE nos vamos a la parte de servicios damos click derecho sobre database y registrar SQL.
2. Nos aparecera la siguiente venta en la cual tendremos que poner el path

Ponemos ok y todo esta listo.
Para crear la base y hacer persistencia con hibernate mira el video que esta disponible en la parte de referencias: Conectar MySQL y NetBeans en mi proyecto web.

Ahi ta andresito por si aca no lo encuentras..=)
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